AT4G17460.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Homeobox-leucine zipper protein 4 (HB-4) / HD-ZIP protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes homeobox protein HAT1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
HAT1; FUNCTIONS IN: DNA binding, sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: regulation of transcription, DNA-dependent, transcription, regulation of transcription; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: HD-ZIP protein, N-terminal (InterPro:IPR006712), Helix-turn-helix motif, lambda-like repressor (InterPro:IPR000047), Homeobox (InterPro:IPR001356), Homeobox, conserved site (InterPro:IPR017970), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), Leucine zipper, homeobox-associated (InterPro:IPR003106), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Homeobox-leucine zipper protein 4 (HB-4) / HD-ZIP protein (TAIR:AT5G47370.1); Has 7491 Blast hits to 7459 proteins in 526 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 5185; Fungi - 268; Plants - 1911; Viruses - 4; Other Eukaryotes - 123 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:9739862..9740983 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 31556.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.77 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 282 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMMGKEDLGL SLSLGFAQNH PLQLNLKPTS SPMSNLQMFP WNQTLVSSSD QQKQQFLRKI DVNSLPTTVD LEEETGVSSP NSTISSTVSG KRRSTEREGT 101: SGGGCGDDLD ITLDRSSSRG TSDEEEDYGG ETCRKKLRLS KDQSAVLEDT FKEHNTLNPK QKLALAKKLG LTARQVEVWF QNRRARTKLK QTEVDCEYLK 201: RCVEKLTEEN RRLEKEAAEL RALKLSPRLY GQMSPPTTLL MCPSCERVAG PSSSNHNQRS VSLSPWLQMA HGSTFDVMRP RS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)