AT1G33240.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : GT-2-like 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a plant transcriptional activator that contains two separate, but similar, trihelix DNA-binding domains, similar to GT-2. Gene is expressed in all aerial parts of the plant, with higher level of expression in siliques. At-GTL2 was thought to be a duplicated copy of this gene but is likely to be a cloning artefact, the result of a chimeric clone. Regulates ploidy-dependent cell growth in trichome. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
GT-2-like 1 (GTL1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SANT, DNA-binding (InterPro:IPR001005), MYB-like (InterPro:IPR017877); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Duplicated homeodomain-like superfamily protein (TAIR:AT1G76890.2); Has 6156 Blast hits to 4698 proteins in 415 species: Archae - 8; Bacteria - 243; Metazoa - 2333; Fungi - 696; Plants - 1321; Viruses - 126; Other Eukaryotes - 1429 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:12051859..12054320 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 74216.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.85 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.95 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 669 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEQGGGGGGN EVVEEASPIS SRPPANNLEE LMRFSAAADD GGLGGGGGGG GGGSASSSSG NRWPREETLA LLRIRSDMDS TFRDATLKAP LWEHVSRKLL 101: ELGYKRSSKK CKEKFENVQK YYKRTKETRG GRHDGKAYKF FSQLEALNTT PPSSSLDVTP LSVANPILMP SSSSSPFPVF SQPQPQTQTQ PPQTHNVSFT 201: PTPPPLPLPS MGPIFTGVTF SSHSSSTASG MGSDDDDDDM DVDQANIAGS SSRKRKRGNR GGGGKMMELF EGLVRQVMQK QAAMQRSFLE ALEKREQERL 301: DREEAWKRQE MARLAREHEV MSQERAASAS RDAAIISLIQ KITGHTIQLP PSLSSQPPPP YQPPPAVTKR VAEPPLSTAQ SQSQQPIMAI PQQQILPPPP 401: PSHPHAHQPE QKQQQQPQQE MVMSSEQSSL PSSSRWPKAE ILALINLRSG MEPRYQDNVP KGLLWEEIST SMKRMGYNRN AKRCKEKWEN INKYYKKVKE 501: SNKKRPQDAK TCPYFHRLDL LYRNKVLGSG GGSSTSGLPQ DQKQSPVTAM KPPQEGLVNV QQTHGSASTE EEEPIEESPQ GTEKPEDLVM RELIQQQQQL 601: QQQESMIGEY EKIEESHNYN NMEEEEDQEM DEEELDEDEK SAAFEIAFQS PANRGGNGHT EPPFLTMVQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)