AT2G23170.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 0.916 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Auxin-responsive GH3 family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes an IAA-amido synthase that conjugates Asp and other amino acids to auxin in vitro. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
GH3.3; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: GH3 auxin-responsive promoter (InterPro:IPR004993); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Auxin-responsive GH3 family protein (TAIR:AT4G37390.1); Has 1734 Blast hits to 1530 proteins in 236 species: Archae - 0; Bacteria - 610; Metazoa - 53; Fungi - 2; Plants - 676; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 393 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:9864125..9866502 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 67540.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 595 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTVDSALRSP MMHSPSTKDV KALRFIEEMT RNVDFVQKKV IREILSRNSD TEYLKRFGLK GFTDRKTFKT KVPVVIYDDL KPEIQRIANG DRSMILSSYP 101: ITEFLTSSGT SAGERKLMPT IDEDMDRRQL LYSLLMPVMN LYVPGLDKGK ALYFLFVKTE SKTPGGLPAR PVLTSYYKSE QFKRRPNDPY NVYTSPNEAI 201: LCPDSSQSMY TQMLCGLLMR HEVLRLGAVF ASGLLRAIGF LQTNWKELAD DISTGTLSSR ISDPAIKESM SKILTKPDQE LADFITSVCG QDNSWEGIIT 301: KIWPNTKYLD VIVTGAMAQY IPMLEYYSGG LPMACTMYAS SESYFGINLK PMCKPSEVSY TIMPNMAYFE FLPHHEVPTE KSELVELADV EVGKEYELVI 401: TTYAGLNRYR VGDILQVTGF YNSAPQFKFV RRKNVLLSIE SDKTDEAELQ SAVENASLLL GEQGTRVIEY TSYAETKTIP GHYVIYWELL VKDQTNPPND 501: EVMARCCLEM EESLNSVYRQ SRVADKSIGP LEIRVVKNGT FEELMDYAIS RGASINQYKV PRCVSFTPIM ELLDSRVVST HFSPALPHWS PERRR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)