AT4G02740.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : F-box/RNI-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
F-box/RNI-like superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: F-box domain, Skp2-like (InterPro:IPR022364); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNI-like superfamily protein (TAIR:AT4G02760.2); Has 1857 Blast hits to 1364 proteins in 199 species: Archae - 3; Bacteria - 120; Metazoa - 715; Fungi - 206; Plants - 319; Viruses - 25; Other Eukaryotes - 469 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:1217756..1220834 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 53682.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 479 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDPPTQSHNS VRTVPGSNHS HTDLIISSFL SFPDSSPISI SNSFDRVLDR ALASASADES VQDRLVDRTL ELASLLLDST RRCFRKRASV HNSNSWSLPP 101: ELTIKVFSML DTKSMMQAAV CCTMFNKCAM DRLCYSHIDL TTSARYADKG VVSTMINRAG KELRSLKLGR VVRTAGSDSA APLLSGSCLS PLAYNHGFLG 201: SRLRSLRLYN LRPIKYRSLC DALSVCPNIT DLRIVGLYNL TEELFNSLTK KCRLIEHLFL ETYGYPRTLE SKAGSSLVEF VTNCPNLTSL TLIRFGLTDD 301: WARNLAESCR KLKYLNLSRS PTIKGRFLRE LGLSCKENLL KTLILRSCPK LQEKEVLEFC NSLLTGNFKS IRQIDVSSNS GLASSDRGKR CNKPNFPLER 401: LKEERSDVTF VADFPSTSSG KRYGVCDEEE LRLIEMMEAE DDEVDEEDDS DDDTDDVSDE DESENDDDMG MGFDVDYLL |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)