AT4G34470.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.590 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : SKP1-like 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SKP1-like 12 (SK12); FUNCTIONS IN: ubiquitin-protein ligase activity, protein binding; INVOLVED IN: ubiquitin-dependent protein catabolic process; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: inflorescence; EXPRESSED DURING: seedling growth; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: E3 ubiquitin ligase, SCF complex, Skp subunit (InterPro:IPR016897), SKP1 component, dimerisation (InterPro:IPR016072), SKP1 component (InterPro:IPR001232), BTB/POZ fold (InterPro:IPR011333), SKP1 component, POZ (InterPro:IPR016073); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SKP1-like 11 (TAIR:AT4G34210.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:16480022..16480480 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 17363.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 3.99 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 152 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSKMIVLMS SDGQSFEVEE AVAIQSQTIA HMVEDDCVAD GIPLANVESK ILVKVIEYCK KYHVDEANPI SEEDLNKWDE KFMDLEQSTI FELILAANYL 101: NIKSLFDLTC QTVADMIKGK TPEEIRSTFN IENDFTPEEE EAVRKENQWA FE |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)