AT4G30360.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.998 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : cyclic nucleotide-gated channel 17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of Cyclic nucleotide gated channel family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cyclic nucleotide-gated channel 17 (CNGC17); FUNCTIONS IN: ion channel activity, cyclic nucleotide binding, calmodulin binding; INVOLVED IN: potassium ion transport, ion transport, transmembrane transport; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cyclic nucleotide-binding (InterPro:IPR000595), Ion transport (InterPro:IPR005821), Cyclic nucleotide-binding-like (InterPro:IPR018490), Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG (InterPro:IPR003938), RmlC-like jelly roll fold (InterPro:IPR014710); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cyclic nucleotide-gated channel 14 (TAIR:AT2G24610.1); Has 3400 Blast hits to 3264 proteins in 232 species: Archae - 0; Bacteria - 47; Metazoa - 1584; Fungi - 2; Plants - 959; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 808 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:14855060..14857779 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 83365.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 720 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MELRKDKLLM FYSEGKESKE AKWAVNDPMS KSYKLSLPSA LRPDNLLPGN RLRYTDASKS KSSKVSWYKT ILDPGSEIVL KWNWVFIVSC MVALFIDPLY 101: FFVPAIGGDK NYPCARTDTS LSILVTFFRT IADLFYLLHI FIKFRTGFIA PNSSTRVFGR GELVMDPKAI AWRYIKSDFI IDLIATLPLP QIVIWFVIST 201: TKSYRFDHNN NAIALIVLLQ YIPRFYLIIP LSSQIVKATG VVTKTAWAGA AYNLLLYMLA SHVLGAAWYI LSVDRYTSCW KSRCNGEAGQ VNCQLYYLDC 301: DSMYDNNQMT WANVTKVFKL CDARNGEFKY GIFGNAITKN VVSSQFFERY FYCLWWGLQQ LSSYGQNLST TMFMGETTFA VLIAIFGLVL FAHLIGNMQT 401: YLQSLTVRLE EWRLKKRDTE EWMRHRQLPE ELRNRVRRYE QYKWLATRGV DEEVLLQSLP TDLRRDIQRH LCLDLVRRVP FFSQMDDQLL DAICERLVSS 501: LCTEGTYLVR EGDLISEMLF IIRGRLESST TNGGRTGFFN SIILRPGDFC GEELLSWALL PKSTLNLPSS TRTVRALVEV EAFALRAEDL KFVANQFRRL 601: HSKKLQHTFR FYSHHWRTWA ACFIQAAWRR YKRRVMENNL TAIESMENEE GEVGEELVVV EEEECVEESP RTKMNLGVMV LASRFAANTR RGVAAQRVKD 701: VELPRFKKPE EPDFSAEHDD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)