AT4G20130.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : plastid transcriptionally active 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
plastid transcriptionally active 14 (PTAC14); LOCATED IN: plastid chromosome, chloroplast, nucleoid; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SET domain (InterPro:IPR001214), Rubisco LSMT substrate-binding (InterPro:IPR015353); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Rubisco methyltransferase family protein (TAIR:AT1G24610.1); Has 493 Blast hits to 493 proteins in 110 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 45; Fungi - 96; Plants - 292; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 60 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:10878914..10881697 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 55613.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 483 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASSVSLQFL TNTFISKPQG FCNGIVSAPR PRSNLLRDRQ NGVRPIKVAS IETQPFPLFQ SPASEESSSS ELETADPDFY KIGYVRSVRA YGVEFKEGPD 101: GFGVYASKDI EPRRRARVIM EIPLELMITI RQKHPWMFFP DIVPIGHPIF DIINSTDPEI DWDIRLACLL LFSFDRDDHF WRLYGDFLPA ADECSSLLLA 201: TEEDLAELQD PDLVSTIRQQ QKRILDFWEK NWHSGVPLKI KRLAEDPERF IWAVSMAQTR CISMQTRVGA LVQELNMMIP YADMLNHSFE PNCFLHWRPK 301: DRMLEVMSNA GQDIKKGEEM TINYMPGQKN NMLMERYGFS TPVNPWDAIK FSGDSRIHLN SFLSVFNIYG LPEEYYHDSE LSRGDTFVDG AVIAAARTLP 401: TWSDIDLPPI PSAERKAVKE LQDECRKMLA EYPTTAEQDQ KLLDSMSEAR TTFATAVKYR MHRKMFIGKI IKALDIYQER LLY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)