ATCG00740.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RNA polymerase subunit alpha | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
RNA polymerase alpha subunit | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RNA polymerase subunit alpha (RPOA); FUNCTIONS IN: DNA-directed RNA polymerase activity; INVOLVED IN: RNA elongation; LOCATED IN: chloroplast, nucleoid; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA-directed RNA polymerase, insert domain (InterPro:IPR011262), DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit (InterPro:IPR011773), RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal (InterPro:IPR011260), DNA-directed RNA polymerase, dimerisation (InterPro:IPR011261), DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type (InterPro:IPR011263), DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like (InterPro:IPR009025). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chrC:-:77901..78890 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38139.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 329 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVREKVKVST RTLQWKCVES KRDSKRLYYG RFILSPLMKG QADTIGIAMR RALLGEIEGT CITRAKSENI PHDYSNIAGI QESVHEILMN LNEIVLRSNL 101: YGTRNALICV QGPGYITARD IILPPAVEII DNTQHIATLT EPIDLCIELK IERNRGYSLK MSNNFEDRSY PIDAVFMPVE NANHSIHSYG NGNEKQEILF 201: LEIWTNGSLT PKEALHQASR NLINLFIPFL HVEEETFYLE NNQHQVTLPF FPFHNRLVNL RKKKKTKELA FQYIFIDQLE LPPRIYNCLK KSNIHTLLDL 301: LNNSQEDLIK IEHFHVEDVK KILDILEKK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)