AT4G15560.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Deoxyxylulose-5-phosphate synthase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with 1-deoxyxylulose 5-phosphate synthase activity involved in the MEP pathway. It is essential for chloroplast development in Arabidopsis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
CLOROPLASTOS ALTERADOS 1 (CLA1); FUNCTIONS IN: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase activity; INVOLVED IN: chlorophyll biosynthetic process, response to light stimulus, isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate-independent pathway; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transketolase, N-terminal (InterPro:IPR005474), Transketolase, C-terminal (InterPro:IPR005476), Transketolase, C-terminal/Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase, domain II (InterPro:IPR009014), Transketolase-like, pyrimidine-binding domain (InterPro:IPR005475), Transketolase binding site (InterPro:IPR020826), Transketolase-like, C-terminal (InterPro:IPR015941), Deoxyxylulose-5-phosphate synthase (InterPro:IPR005477), Dehydrogenase, E1 component (InterPro:IPR001017); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase 1 (TAIR:AT3G21500.2); Has 24450 Blast hits to 24392 proteins in 2940 species: Archae - 267; Bacteria - 15281; Metazoa - 526; Fungi - 278; Plants - 446; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 7652 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:8884218..8887254 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 76837.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 717 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASSAFAFPS YIITKGGLST DSCKSTSLSS SRSLVTDLPS PCLKPNNNSH SNRRAKVCAS LAEKGEYYSN RPPTPLLDTI NYPIHMKNLS VKELKQLSDE 101: LRSDVIFNVS KTGGHLGSSL GVVELTVALH YIFNTPQDKI LWDVGHQSYP HKILTGRRGK MPTMRQTNGL SGFTKRGESE HDCFGTGHSS TTISAGLGMA 201: VGRDLKGKNN NVVAVIGDGA MTAGQAYEAM NNAGYLDSDM IVILNDNKQV SLPTATLDGP SPPVGALSSA LSRLQSNPAL RELREVAKGM TKQIGGPMHQ 301: LAAKVDEYAR GMISGTGSSL FEELGLYYIG PVDGHNIDDL VAILKEVKST RTTGPVLIHV VTEKGRGYPY AERADDKYHG VVKFDPATGR QFKTTNKTQS 401: YTTYFAEALV AEAEVDKDVV AIHAAMGGGT GLNLFQRRFP TRCFDVGIAE QHAVTFAAGL ACEGLKPFCA IYSSFMQRAY DQVVHDVDLQ KLPVRFAMDR 501: AGLVGADGPT HCGAFDVTFM ACLPNMIVMA PSDEADLFNM VATAVAIDDR PSCFRYPRGN GIGVALPPGN KGVPIEIGKG RILKEGERVA LLGYGSAVQS 601: CLGAAVMLEE RGLNVTVADA RFCKPLDRAL IRSLAKSHEV LITVEEGSIG GFGSHVVQFL ALDGLLDGKL KWRPMVLPDR YIDHGAPADQ LAEAGLMPSH 701: IAATALNLIG APREALF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)