AT3G25980.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.996 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DNA-binding HORMA family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes MAD2 (MITOTIC ARREST-DEFICIENT 2). May have the spindle assembly checkpoint protein functions conserved from yeast to humans. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
MITOTIC ARREST-DEFICIENT 2 (MAD2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA-binding HORMA (InterPro:IPR003511); Has 609 Blast hits to 608 proteins in 183 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 312; Fungi - 177; Plants - 74; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 46 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:9503232..9504402 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 23732.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 209 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASKTAAAKD IITLHGSAAI VSEFFCYAAN SILYNRAVYP EESFVKVKKY GLPMLLIEDE SVKSFMSNLT SQISEWLEAG KLQRVVLVIM SKATGEVLER 101: WNFRIETDNE VVDKGVSREK SDKEIMREIQ AIMRQVASSV TYLPCLDETC VFDVLAYTDT DVAVPFTWIE SDPKLIANPQ MVKLHGFDTK IHKVDTLVSY 201: KNDEWDEEE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)