AT1G08560.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : syntaxin of plants 111 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of SYP11 syntaxin Gene Family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
syntaxin of plants 111 (SYP111); FUNCTIONS IN: SNAP receptor activity; INVOLVED IN: intracellular protein transport, response to cyclopentenone, cellular membrane fusion; LOCATED IN: endomembrane system, plasma membrane, phragmoplast, cell plate; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Target SNARE coiled-coil domain (InterPro:IPR000727), t-SNARE (InterPro:IPR010989), Syntaxin/epimorphin, conserved site (InterPro:IPR006012), Syntaxin, N-terminal (InterPro:IPR006011); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: syntaxin of plants 124 (TAIR:AT1G61290.1); Has 2504 Blast hits to 2496 proteins in 285 species: Archae - 12; Bacteria - 41; Metazoa - 1133; Fungi - 466; Plants - 469; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 381 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:2709778..2710710 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35276.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 310 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNDLMTKSFM SYVDLKKAAM KDMEAGPDFD LEMASTKADK MDENLSSFLE EAEYVKAEMG LISETLARIE QYHEESKGVH KAESVKSLRN KISNEIVSGL 101: RKAKSIKSKL EEMDKANKEI KRLSGTPVYR SRTAVTNGLR KKLKEVMMEF QGLRQKMMSE YKETVERRYF TVTGEHANDE MIEKIITDNA GGEEFLTRAI 201: QEHGKGKVLE TVVEIQDRYD AAKEIEKSLL ELHQVFLDMA VMVESQGEQM DEIEHHVINA SHYVADGANE LKTAKSHQRN SRKWMCIGII VLLLIILIVV 301: IPIITSFSSS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)