AT2G39890.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : proline transporter 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a proline transporter with affinity for gly betaine, proline and GABA. Protein is expressed in the vascular tissue, specifically the phloem. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
proline transporter 1 (PROT1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Amino acid transporter, transmembrane (InterPro:IPR013057); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: proline transporter 3 (TAIR:AT2G36590.1); Has 1473 Blast hits to 1467 proteins in 157 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 93; Fungi - 146; Plants - 1200; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 30 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:16656022..16658202 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 48458.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 442 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTATEAKNRK INVGDGDDVV DIEIPDTAHQ ISSDSWFQVA FVLTTGINSA YVLGYSGTIM VPLGWIGGVV GLLIATAISL YANTLIAKLH EFGGRRHIRY 101: RDLAGFIYGR KAYHLTWGLQ YVNLFMINCG FIILAGSALK AVYVLFRDDH TMKLPHFIAI AGLICAIFAI GIPHLSALGV WLGVSTFLSL IYIVVAIVLS 201: VRDGVKTPSR DYEIQGSSLS KLFTITGAAA NLVFAFNTGM LPEIQATVRQ PVVKNMMKAL YFQFTAGVLP MYAVTFIGYW AYGSSTSTYL LNSVNGPLWV 301: KALANVSAIL QSVISLHIFA SPTYEYMDTK YGIKGNPFAI KNLLFRIMAR GGYIAVSTLI SALLPFLGDF MSLTGAVSTF PLTFILANHM YYKAKNNKLN 401: AMQKLWHWLN VVFFSLMSVA AAIAAVRLIA VDSKNFHVFA DL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)