AT4G09760.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.993 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Protein kinase superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a choline synthase whose gene expression is induced by high salt and mannitol. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Protein kinase superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Choline/ethanolamine kinase (InterPro:IPR002573), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: choline kinase 1 (TAIR:AT1G71697.1); Has 1546 Blast hits to 1491 proteins in 370 species: Archae - 0; Bacteria - 353; Metazoa - 436; Fungi - 251; Plants - 163; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 343 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:6148955..6151150 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 40352.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.75 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 346 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAVGIFGLIP SSSPDELRKI LQALSTKWGD VVEDFESLEV KPMKGAMTNE VFMVSWPRKE TNLRCRKLLV RVYGEGVELF FNRDDEIRTF EYVARHGHGP 101: TLLGRFAGGR VEEFIHARTL SATDLRDPNI SALVASKLRR FHSIHIPGDR IMLIWDRMRT WVGQAKNLCS NEHSTEFGLD DIEDEINLLE QEVNNEQEIG 201: FCHNDLQYGN IMIDEETNAI TIIDYEYASY NPIAYDIANH FCEMAADYHS NTPHILDYTL YPGEEERRRF ICNYLTSSGE EAREEDIEQL LDDIEKYTLA 301: SHLFWGLWGI ISGYVNKIEF DYIEYSRQRF KQYWLRKPKL LSFFPS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)