AT1G01070.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.966 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : nodulin MtN21 /EamA-like transporter family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
nodulin MtN21 /EamA-like transporter family protein; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: 17 plant structures; EXPRESSED DURING: 7 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF6, transmembrane (InterPro:IPR000620); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: nodulin MtN21 /EamA-like transporter family protein (TAIR:AT1G11460.1); Has 3211 Blast hits to 3199 proteins in 599 species: Archae - 23; Bacteria - 1686; Metazoa - 4; Fungi - 6; Plants - 1233; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 259 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:38898..40877 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 39812.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 365 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAGDMQGVRV VEKYSPVIVM VMSNVAMGSV NALVKKALDV GVNHMVIGAY RMAISALILV PFAYVLERKT RPQITFRLMV DHFVSGLLGA SLMQFFFLLG 101: LSYTSATVSC ALVSMLPAIT FALALIFRTE NVKILKTKAG MLKVIGTLIC ISGALFLTFY KGPQISNSHS HSHGGASHNN NDQDKANNWL LGCLYLTIGT 201: VLLSLWMLFQ GTLSIKYPCK YSSTCLMSIF AAFQCALLSL YKSRDVNDWI IDDRFVITVI IYAGVVGQAM TTVATTWGIK KLGAVFASAF FPLTLISATL 301: FDFLILHTPL YLGSVIGSLV TITGLYMFLW GKNKETESST ALSSGMDNEA QYTTPNKDND SKSPV |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)