AT1G59560.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 0.547 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : E3 Ubiquitin ligase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ZCF61; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), E3 Ubiquitin ligase (InterPro:IPR022170); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: E3 Ubiquitin ligase family protein (TAIR:AT1G63900.2); Has 2916 Blast hits to 2819 proteins in 249 species: Archae - 0; Bacteria - 10; Metazoa - 1665; Fungi - 49; Plants - 608; Viruses - 179; Other Eukaryotes - 405 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:21881741..21883632 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 37731.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 338 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MIHLAGFTCC LGGVALYLLT RSTGRDIKSI TRVYQLKDLE QLVEVESKVV PLIIAVSGDV GSETPIKCEH SYVLGVFLKR TAEQQVLRRN WRFSWVRNST 101: LMQPMTKEVP WYLDDGTGRV NVDVSQGELG LALTVGSDVF EKAEPVSLVQ GALGYLKGFK ILGVRHVERV VPIGTPLTVV GEAVRDGMGN VRIQKPEQGP 201: FYVTYIPLDQ LISKLGDLSR RFKYASMGLT VLGVILISKP VIEYILKRIE DTLERRRRQF ALKRVVDAAA RRAKPVTGGG TSRDGDTPDL CVVCLDQKYN 301: TAFVECGHMC CCTPCSLQLR TCPLCRERIQ QVLKIYRH |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)