AT1G51880.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.999 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : root hair specific 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
root hair specific 6 (RHS6); FUNCTIONS IN: kinase activity; INVOLVED IN: protein amino acid phosphorylation; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: root hair; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), Serine/threonine-protein kinase domain (InterPro:IPR002290), Leucine-rich repeat (InterPro:IPR001611), Serine-threonine/tyrosine-protein kinase (InterPro:IPR001245), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), Tyrosine-protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR020635); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Leucine-rich repeat protein kinase family protein (TAIR:AT1G51860.1); Has 126936 Blast hits to 118973 proteins in 4393 species: Archae - 105; Bacteria - 13375; Metazoa - 43816; Fungi - 9840; Plants - 42085; Viruses - 436; Other Eukaryotes - 17279 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:19270193..19274068 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 98263.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.91 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 880 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKSIHGFLLF LITAYVILES VQAQDQLGFI SLDCGLVPKN ATYTEKTTNI TYKSDANYID SGLVGRISAE YKAQLQQQTW TVRSFPEGER NCYNFNLTAK 101: SRYLIRATFT YGNYDGLRQV PKFDIHIGPS KWTSVKLDGV GNGAVLEMIH VLTQDRLQIC LVKTGKGIPF ISSLELRPLN NNTYLTQSGS LIGFARVFFS 201: ATPTFIRYDE DIHDRVWVRQ FGNGLKSIST DLLVDTSNPY DVPQAVAKTA CVPSNASQPL IFDWTLDNIT SQSYVYMHFA EIQTLKDNDI REFNITYNGG 301: QNVYSYLRPE KFEISTLFDS KPLSSPDGSF SLSFTKTGNS TLPPLINGLE IYKVLDLLEL ETDQDEVSAM INIKATYDLS KKVSWQGDPC APKSYQWEGL 401: NCSYPNSDQP RIISLNLAEN KLTGTITPEI SKLTQLIELD LSKNDLSGEI PEFFADMKLL KLIKLNVFIC RNLSGNLGLN STIPDSIQQR LDSKSLILIL 501: SKTVTKTVTL KGKSKKVPMI PIVASVAGVF ALLVILAIFF VVRRKNGESN KGTNPSIITK ERRITYPEVL KMTNNFERVL GKGGFGTVYH GNLEDTQVAV 601: KMLSHSSAQG YKEFKAEVEL LLRVHHRNLV GLVGYCDDGD NLALIYEYMA NGDLKENMSG KRGGNVLTWE NRMQIAVEAA QGLEYLHNGC TPPMVHRDVK 701: TTNILLNERY GAKLADFGLS RSFPVDGESH VSTVVAGTPG YLDPEYYRTN WLSEKSDVYS FGVVLLEIVT NQPVTDKTRE RTHINEWVGS MLTKGDIKSI 801: LDPKLMGDYD TNGAWKIVEL ALACVNPSSN RRPTMAHVVT ELNECVALEN ARRQGREEMH TSGYVDFSRS SASEFSPGAR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)