AT5G17420.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 ASURE: plasma membrane What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Cellulose synthase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a xylem-specific cellulose synthase that is phosphorylated on one or more serine residues (on either S185 or one of S180 or S181). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
IRREGULAR XYLEM 3 (IRX3); FUNCTIONS IN: cellulose synthase activity; INVOLVED IN: cellulose biosynthetic process, plant-type cell wall biogenesis, secondary cell wall biogenesis, rhamnogalacturonan I side chain metabolic process; LOCATED IN: plasma membrane, chloroplast; EXPRESSED IN: 27 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cellulose synthase (InterPro:IPR005150), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Cellulose synthase family protein (TAIR:AT5G05170.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:5736859..5741407 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 115804.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1026 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MEASAGLVAG SHNRNELVVI HNHEEPKPLK NLDGQFCEIC GDQIGLTVEG DLFVACNECG FPACRPCYEY ERREGTQNCP QCKTRYKRLR GSPRVEGDED 0101: EEDIDDIEYE FNIEHEQDKH KHSAEAMLYG KMSYGRGPED DENGRFPPVI AGGHSGEFPV GGGYGNGEHG LHKRVHPYPS SEAGSEGGWR ERMDDWKLQH 0201: GNLGPEPDDD PEMGLIDEAR QPLSRKVPIA SSKINPYRMV IVARLVILAV FLRYRLLNPV HDALGLWLTS VICEIWFAVS WILDQFPKWF PIERETYLDR 0301: LSLRYEREGE PNMLAPVDVF VSTVDPLKEP PLVTSNTVLS ILAMDYPVEK ISCYVSDDGA SMLTFESLSE TAEFARKWVP FCKKFSIEPR APEMYFTLKV 0401: DYLQDKVHPT FVKERRAMKR EYEEFKVRIN AQVAKASKVP LEGWIMQDGT PWPGNNTKDH PGMIQVFLGH SGGFDVEGHE LPRLVYVSRE KRPGFQHHKK 0501: AGAMNALVRV AGVLTNAPFM LNLDCDHYVN NSKAVREAMC FLMDPQIGKK VCYVQFPQRF DGIDTNDRYA NRNTVFFDIN MKGLDGIQGP VYVGTGCVFK 0601: RQALYGYEPP KGPKRPKMIS CGCCPCFGRR RKNKKFSKND MNGDVAALGG AEGDKEHLMS EMNFEKTFGQ SSIFVTSTLM EEGGVPPSSS PAVLLKEAIH 0701: VISCGYEDKT EWGTELGWIY GSITEDILTG FKMHCRGWRS IYCMPKRPAF KGSAPINLSD RLNQVLRWAL GSVEIFFSRH SPLWYGYKGG KLKWLERFAY 0801: ANTTIYPFTS IPLLAYCILP AICLLTDKFI MPPISTFASL FFISLFMSII VTGILELRWS GVSIEEWWRN EQFWVIGGIS AHLFAVVQGL LKILAGIDTN 0901: FTVTSKATDD DDFGELYAFK WTTLLIPPTT VLIINIVGVV AGISDAINNG YQSWGPLFGK LFFSFWVIVH LYPFLKGLMG RQNRTPTIVV IWSVLLASIF 1001: SLLWVRIDPF VLKTKGPDTS KCGINC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)