AT5G19410.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.979 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ABC-2 type transporter family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ABC-2 type transporter family protein; FUNCTIONS IN: ATPase activity, coupled to transmembrane movement of substances; LOCATED IN: chloroplast, membrane; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ABC transporter-like (InterPro:IPR003439), ABC-2 type transporter (InterPro:IPR013525), ABC transporter, conserved site (InterPro:IPR017871); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ABC-2 type transporter family protein (TAIR:AT5G52860.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:6545237..6547111 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 69937.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 624 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASCFHPSAM ATSHREEDSI ILFSASNSPD EFSSASSSFS SSPLPTPNRY SLTVTNLSYT INHTPILNSV SLAAESSKIL AVVGPSGTGK STLLKIISGR 101: VNHKALDPSS AVLMNNRKIT DYNQLRRLCG FVPQDDDLLP LLTVKETLMY SAKFSLRDST AKEREERVES LLSDLGLVLV QDSFVGEGDE EDRGVSGGER 201: KRVSIAVEMI RDPPILLLDE PTSGLDSRNS LQVVELLATM AKSKQRTVLF SIHQPSYRIL DYISDYLILS RGSVIHLGSL EHLEDSIAKL GFQIPEQLNP 301: IEFAMEIVES LRTFKPNSVA VVESSSMWPE NNENDGIISK KEAFRVLDVT EISYLCSRFC KIIYRTKQLF LARTMQAVVA GLGLGSVYTR LKRDEEGVAE 401: RLGLFAFSLS FLLSSTVEAL PIYLRERRVL MKESSRGSYR ISSYMIANTI AFVPFLFVVS LLFSIPVYWI VGLNPSIQAF SFFVLCVWLI ILMASSLVLF 501: LSAVSPDFIS GNSLICTVLG AFFLFSGYFI PKEKIPKPWM FMYYVSLYRY PLESMVVNEY WSMREECFSS GNMGCLMTGE DVLKERGLDK DTRWINVGIM 601: LAFFVFYRIL CWGILLRKAS KSTH |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)