AT5G13580.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.995 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ABC-2 type transporter family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ABC-2 type transporter family protein; FUNCTIONS IN: ATPase activity, coupled to transmembrane movement of substances; INVOLVED IN: response to nematode; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: 10 plant structures; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, C globular stage, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ABC transporter-like (InterPro:IPR003439), ABC-2 type transporter (InterPro:IPR013525), ABC transporter, conserved site (InterPro:IPR017871); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ABC-2 type transporter family protein (TAIR:AT3G55090.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:4370879..4373062 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 80305.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 727 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSRVVAADDN MALPFFSPEF GNVSGASSSP TTFAQLLQNV DDSTRRSHHQ HHVDVDLASP DQSVPFVLSF TDLTYSVKVR RKFTWRRSVS SDPGAPSEGI 101: FSSKTKTLLN GITGEARDGE ILAVLGASGS GKSTLIDALA NRIAKGSLKG NVTLNGEVLN SKMQKAISAY VMQDDLLFPM LTVEETLMFA AEFRLPRSLS 201: KSKKSLRVQA LIDQLGLRNA ANTVIGDEGH RGISGGERRR VSIGIDIIHD PILLFLDEPT SGLDSTSALS VIKVLKRIAQ SGSMVIMTLH QPSYRLLRLL 301: DRLLFLSRGQ TVFSGSPAML PRFFAEFGHP IPEHENRTEF ALDLIRELEG SAGGTRSLVE FNKGFRQRKA EPRSQTGLSL KEAISASISK GKLVSGATTT 401: THSSGSSPVS TIPTFANPFW VELAVLAKRS MTNSRRQPEL FGIRLGAVLV TGFILATMFW QLDNSPKGVQ ERLGCFAFAM STTFYTCADA LPVFLQERFI 501: FMRETAYNAY RRSSYVLSHS LVALPSLIIL SLAFAAITFW GVGLDGGLMG FLFYFLVILA SFWAGSSFVT FLSGVVPHVM LGYTIVVAIL AYFLLFSGFF 601: INRDRIPGYW IWFHYISLVK YPYEAVLLNE FGDPTKCFVR GVQIFDNTPL VAVPQGMKVR LLATMSKSLG MRITSSTCLT TGYDILQQQG VTDLTKWNCL 701: WVTVAWGFFF RILFYFSLLL GSKNKRR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)