AT1G50600.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : scarecrow-like 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a scarecrow-like protein (SCL5). Member of GRAS gene family. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
scarecrow-like 5 (SCL5); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transcription factor GRAS (InterPro:IPR005202); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: GRAS family transcription factor (TAIR:AT5G48150.2); Has 3554 Blast hits to 3276 proteins in 342 species: Archae - 0; Bacteria - 9; Metazoa - 107; Fungi - 18; Plants - 2497; Viruses - 1; Other Eukaryotes - 922 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:18737398..18739547 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 66645.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 597 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRLSVFIIPL VESRQASGII NKQSTSLLIR FSLYLEASIS TKSFFSKSQR ISQTQSPICL SANYYQPDNL DMEATQKHMI QEGSSMFYHQ PSSVKQMDLS 101: VQTFDSYCTL ESSSGTKSHP CLNNKNNSSS TTSFSSNESP ISQANNNNLS RFNNHSPEEN NNSPLSGSSA TNTNETELSL MLKDLETAMM EPDVDNSYNN 201: QGGFGQQHGV VSSAMYRSME MISRGDLKGV LYECAKAVEN YDLEMTDWLI SQLQQMVSVS GEPVQRLGAY MLEGLVARLA SSGSSIYKAL RCKDPTGPEL 301: LTYMHILYEA CPYFKFGYES ANGAIAEAVK NESFVHIIDF QISQGGQWVS LIRALGARPG GPPNVRITGI DDPRSSFARQ GGLELVGQRL GKLAEMCGVP 401: FEFHGAALCC TEVEIEKLGV RNGEALAVNF PLVLHHMPDE SVTVENHRDR LLRLVKHLSP NVVTLVEQEA NTNTAPFLPR FVETMNHYLA VFESIDVKLA 501: RDHKERINVE QHCLAREVVN LIACEGVERE ERHEPLGKWR SRFHMAGFKP YPLSSYVNAT IKGLLESYSE KYTLEERDGA LYLGWKNQPL ITSCAWR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)