AT4G37880.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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| FP Images |
Arabidopsis cell culture (mitochondrial marker)
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : LisH/CRA/RING-U-box domains-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
LisH/CRA/RING-U-box domains-containing protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ran binding protein, CRA domain (InterPro:IPR019589), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), CTLH, C-terminal LisH motif (InterPro:IPR006595), LisH dimerisation motif (InterPro:IPR006594), Ran binding protein-like, CRA domain (InterPro:IPR013144); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: zinc ion binding (TAIR:AT2G22690.2); Has 833 Blast hits to 829 proteins in 195 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 364; Fungi - 234; Plants - 138; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 97 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:17810183..17811349 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 44361.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 388 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MELKSIKDAF DRVATKQKLS YSKTNEIVHM LSQEIDKALS ILEETPSSDT MLLDHRSILA DVKKVFMEIA PITQLEATEK ELHAALTKYP KVLEKQLNPD 101: ISKAYRHNVE FDTHIVNQII ANFFYRQGMF DIGDCFVAET GESECSTRQS FVEMYRILEA MKRRDLEPAL NWAVSNSDKL KEARSDLEMK LHSLHFLEIA 201: RGKNSKEAID YARKHIATFA DSCLPEIQKL MCSLLWNRKL DKSPYSEFLS PALWNNAVKE LTRQYCNLLG ESSESPLSIT VTAGTQALPV LLKYMNVVMA 301: NKKLDWQTME QLPVDAQLSE EFQFHSVFVC PVSKEQSSDD NPPMMMSCGH VLCKQTINKM SKNGSKSSFK CPYCPTDVDI SRCRQLHF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)