AT5G66880.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : sucrose nonfermenting 1(SNF1)-related protein kinase 2.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a member of SNF1-related protein kinases (SnRK2) whose activity is activated by ionic (salt) and non-ionic (mannitol) osmotic stress. Enzyme involved in the ABA signaling during seed germination, dormancy and seedling growth. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
sucrose nonfermenting 1(SNF1)-related protein kinase 2.3 (SNRK2.3); FUNCTIONS IN: protein kinase activity, kinase activity; INVOLVED IN: in 8 processes; LOCATED IN: cytosol, nucleus, cytoplasm; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), Serine/threonine-protein kinase domain (InterPro:IPR002290), Serine/threonine-protein kinase-like domain (InterPro:IPR017442), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), Calcium/calmodulin-dependent protein kinase-like (InterPro:IPR020636), Serine/threonine-protein kinase-like, plant (InterPro:IPR015740); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SNF1-related protein kinase 2.2 (TAIR:AT3G50500.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:26710697..26712732 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41086.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 361 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDRAPVTTGP LDMPIMHDSD RYDFVKDIGS GNFGVARLMR DKLTKELVAV KYIERGDKID ENVQREIINH RSLRHPNIVR FKEVILTPTH LAIIMEYASG 101: GELYERICNA GRFSEDEARF FFQQLLSGVS YCHSMQICHR DLKLENTLLD GSPAPRLKIC DFGYSKSSVL HSQPKSTVGT PAYIAPEVLL RQEYDGKIAD 201: VWSCGVTLYV MLVGAYPFED PEEPRDYRKT IQRILSVKYS IPDDIRISPE CCHLISRIFV ADPATRISIP EIKTHSWFLK NLPADLMNES NTGSQFQEPE 301: QPMQSLDTIM QIISEATIPA VRNRCLDDFM TDNLDLDDDM DDFDSESEID IDSSGEIVYA L |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)