AT3G54650.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.998 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RNI-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
FBL17; FUNCTIONS IN: ubiquitin-protein ligase activity; INVOLVED IN: generative cell mitosis, seed development, embryo development, ubiquitin-dependent protein catabolic process, pollen development; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: F-box domain, cyclin-like (InterPro:IPR001810); Has 1738 Blast hits to 1195 proteins in 149 species: Archae - 0; Bacteria - 27; Metazoa - 733; Fungi - 89; Plants - 663; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 226 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:20226004..20228882 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 64772.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 593 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MQPQPHISPN TATAAISAAL ESQRSRKNRG SYNCGRCGQP KKGHVCLLTA PPDIPTTPIA SEPVSCISAA ASSSRSTVLS LTAAPSSRQT FTHLRRALSF 101: DDVDARNSLD ESDLDAASMD LDLQLDTDIV QPGRFHAVGL WEVLKRLPPS SLLMAARVCK GWRETSRKMW KAAEELRIRV PERAQIGYIG SLLQKCPRLI 201: RLSLKIESDF DATTLACIAF SCPNLEVLEI TTSGAAVNRI SGDELSRFVA NKRGLTSLKM EGCSNLGGFS LSSSSLSTLW LSDLHSLSKM IFNCPNLTEI 301: SLEFSRQEDD STDLVTMVDG LGRTCTRLQN IHIASLKLSH TVVLSLTAVN FRYLRMLSLV LGINITDASV AAISSGYKNL ELLDLSGSSI TDTGLGMICD 401: VLPDTLSKLL VALCPNITSS GIQFATAQLP LLELMDCGMT VSDPNSDNPT FVENPSPHKT PGYNQKMFIK HKRLKKLSLW GCSSLDALFL NCPELMDLNL 501: NLCSNLHPES LVLQCPKLQL VYASGCQGLL TGAIRKQVSE NFSAGENHMP RKRLADASKR IQALPSLYQE TREDGIYAGK RRKLEKEMCT IIH |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)