AT5G46390.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Peptidase S41 family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Peptidase S41 family protein; FUNCTIONS IN: serine-type peptidase activity; INVOLVED IN: proteolysis, intracellular signaling pathway; LOCATED IN: thylakoid lumen, chloroplast thylakoid lumen; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase S41 (InterPro:IPR005151), PDZ/DHR/GLGF (InterPro:IPR001478); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Peptidase S41 family protein (TAIR:AT3G57680.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:18816612..18818605 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 46482.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 428 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRLLLPFSSP LSATSSPSTP QFIPELPPPS QFDYSGLTKI LKKSVIGTLT GALSLTLVFS SPISSVAATN DPYLSVNPPS SSFESSLNHF DSAPEDCPNE 101: EEADTEIQDD DIEPQLVTNE GIVEEAWEIV NGAFLDTRSH SWTPETWQKQ KDDILASPIK SRSKAHEVIK NMLASLGDQY TRFLSPDEFS RMSKYDITGI 201: GINLREVSDG GGNVKLKVLG LVLDSAADIA GVKQGDEILA VNGMDVSGKS SFEVSSLLQG PSKTFVVLKV KHGKCGPVKS LKIQRQVNAQ TPVSYRLEKV 301: DNGTVSVGYI RLKEFNALAR KDLVIAMKRL LDKGASYFVM DLRDNLGGLV QAGIETAKLF LDEGDTVIYT AGRDPEAQKT VVSDKKPLIT APLIVCDESC 401: KPVNLSHYYV ILHLALIRIL IIVAGNGK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)