AT1G08550.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : non-photochemical quenching 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Violaxanthin deepoxidase involved in xanthophyll cycle.Two major consequences of the npq1 mutation are the absence of zeaxanthin formation in strong light and the partial inhibition of the quenching of singlet excited chlorophylls in the photosystem II light-harvesting complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
non-photochemical quenching 1 (NPQ1); FUNCTIONS IN: violaxanthin de-epoxidase activity; INVOLVED IN: fatty acid metabolic process, response to heat, chlorophyll metabolic process, xanthophyll metabolic process, xanthophyll cycle; LOCATED IN: thylakoid lumen, chloroplast thylakoid lumen, chloroplast photosystem II, chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Lipocalin conserved site (InterPro:IPR022272), Calycin (InterPro:IPR012674), Violaxanthin de-epoxidase (InterPro:IPR010788), Calycin-like (InterPro:IPR011038); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: violaxanthin de-epoxidase-related (TAIR:AT2G21860.1); Has 258 Blast hits to 254 proteins in 55 species: Archae - 0; Bacteria - 9; Metazoa - 2; Fungi - 0; Plants - 212; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 35 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:2707462..2709387 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 52019.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.93 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 462 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAVATHCFTS PCHDRIRFFS SDDGIGRLGI TRKRINGTFL LKILPPIQSA DLRTTGGRSS RPLSAFRSGF SKGIFDIVPL PSKNELKELT APLLLKLVGV 101: LACAFLIVPS ADAVDALKTC ACLLKGCRIE LAKCIANPAC AANVACLQTC NNRPDETECQ IKCGDLFENS VVDEFNECAV SRKKCVPRKS DLGEFPAPDP 201: SVLVQNFNIS DFNGKWYITS GLNPTFDAFD CQLHEFHTEG DNKLVGNISW RIKTLDSGFF TRSAVQKFVQ DPNQPGVLYN HDNEYLHYQD DWYILSSKIE 301: NKPEDYIFVY YRGRNDAWDG YGGAVVYTRS SVLPNSIIPE LEKAAKSIGR DFSTFIRTDN TCGPEPALVE RIEKTVEEGE RIIVKEVEEI EEEVEKEVEK 401: VGRTEMTLFQ RLAEGFNELK QDEENFVREL SKEEMEFLDE IKMEASEVEK LFGKALPIRK VR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)