AT5G38510.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 0.998 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Rhomboid-related intramembrane serine protease family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Rhomboid-related intramembrane serine protease family protein; FUNCTIONS IN: serine-type endopeptidase activity; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: integral to membrane; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase S54, rhomboid (InterPro:IPR002610); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RHOMBOID-like protein 10 (TAIR:AT1G25290.2); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:15417839..15420002 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 47729.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.69 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 434 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MALFPLHHEV PCKGEVLFDS NGLRRFSSGL KHRTMAEATT LGRDCRMKSY MKSIPYCRSP RRRLCLVRAS SENKITKQRL KLLDSYFGKL QNDDEKPSIS 101: TGDDIDRKAE LNVNEELDSL SAYLDKLQKD AKSKGLVSST LDVVKSEGGS VASKLRKTGI ENNNSPFQQF DDEDQAEDTL NFYAVSILAS INVGVCLFEA 201: AAPVRNNNMG LLSLPLLYGA KINDLILAGE WWRLVTPMFL HSGIPHVALS SWALLTFGPK VCRDYGLFTF CLIYILGGVS GNFMSFLHTA DPTVGGTGPA 301: FALIGAWLVD QNQNKEMIKS NEYEDLFQKA IIMTGFGLIL SHFGPIDDWT NLGALIAGIV YGFFTCPVLQ LGSGGSERQE GIVTVGPEKQ NSADPCKSFL 401: LFTIFVAVIV TSLLLIGDGP LDFPTYDDVV YSLI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)