AT4G02260.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RELA/SPOT homolog 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RELA/SPOT homolog 1 (RSH1); FUNCTIONS IN: catalytic activity; INVOLVED IN: response to wounding; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Metal-dependent phosphohydrolase, HD subdomain (InterPro:IPR006674), TGS-like (InterPro:IPR012676), TGS (InterPro:IPR004095), Metal-dependent phosphohydrolase, HD domain (InterPro:IPR003607), Beta-grasp fold, ferredoxin-type (InterPro:IPR012675), RelA/SpoT (InterPro:IPR007685); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RELA/SPOT homolog 3 (TAIR:AT1G54130.1); Has 35333 Blast hits to 34131 proteins in 2444 species: Archae - 798; Bacteria - 22429; Metazoa - 974; Fungi - 991; Plants - 531; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9610 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:985451..991178 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 98695.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 884 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTSASSMSVS VECVNICNLT KGDGNARSDC SALSCAWKAP RALTGFLAST AHPPVCSVYS CGRNGRKSRM KACAWQRYEY EVGFSEAPYF VNVRNILKSR 101: LSCGGHKRWE LYCVSAESSS GASSDVTVET LWEDLFPSIS YLPRKELEFV QKGLKLAFEA HHGQKRRSGE PFIIHPVAVA RILGELELDW ESIVAGLLHD 201: TVEDTNFITF EKIEEEFGAT VRHIVEGETK VSKLGKLKCK TESETIQDVK ADDLRQMFLA MTDEVRVIIV KLADRLHNMR TLCHMPPHKQ SSIAGETLQV 301: FAPLAKLLGM YSIKSELENL SFMYVSAEDY DRVTSRIANL YKEHEKELTE ANRILVKKIE DDQFLDLVTV NTDVRSVCKE TYSIYKAALK SKGSINDYNQ 401: IAQQLRIVVK PKPSVGVGPL CSPQQICYHV LGLVHEIWKP IPRTVKDYIA TPKPNGYQSL HTTVIPFLYE SMFRLEVQIR TEEMDLIAER GIAVYYNGKS 501: LSTGLVGNAV PLGRNSRGKT GCLNNADFAL RVGWLNAIRE WQEEFVGNMS SREFVDTITR DLLGSRVFVF TPKGEIKNLP KGATVVDYAY LIHTEIGNKM 601: VAAKVNGNLV SPTHVLENAE VVEIVTYNAL SSKSAFQRHK QWLQHAKTRS ARHKIMRFLR EQAAQCAAEI TQDQVNDFVA DSDSDVEDLT EDSRKSLQWW 701: EKILVNVKQF QSQDKSRDTT PAPQNGSVWA PKVNGKHNKA IKNSSSDEPE FLLPGDGIAR ILPANIPAYK EVLPGLDSWR DSKIATWHHL EGQSIEWLCV 801: VSMDRKGIIA EVTTVLAAEG IALCSCVAEI DRGRGLAVML FQIEANIESL VSVCAKVDLV LGVLGWSSGC SWPRSTENAQ VLEC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)