AT4G26700.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : fimbrin 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
fimbrin-like protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
fimbrin 1 (FIM1); FUNCTIONS IN: actin binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Actinin-type, actin-binding, conserved site (InterPro:IPR001589), Calponin-homology (InterPro:IPR016146), Calponin-like actin-binding (InterPro:IPR001715); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Actin binding Calponin homology (CH) domain-containing protein (TAIR:AT5G55400.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:13463760..13467426 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 76932.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 687 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSGYVGVVVS DPWLQSQFTQ VELRTLNSKY VSVKNQNGKV TIEDLPPLFA KLKALSATFK EDEIKGMLGE LGSDTSTDVS FEEFLKIYLN LLSKAAEKSG 101: GHHKNSSSFL KACTTTLLHT IYQSEKGPFV QHINRYLGDD PFLKQFLPLD PHSNQLYELV KDGVLLCKLI NVAVPGTIDE RAINTKRVLN PWERNENHTL 201: CLNSAKAVGC SVVNIGTQDL AEGRPHLVLG LISQLIKIQV LADLNLKKTP QLVELLEDSD DVEELLRLPP EKVLLKWMNF HLKKGGYKKT VSNFSADLKD 301: AQAYAFLLNV LAPEHCDPAT LDAKDPLERA ELVLSHAERM NCKRYLTAEE IVEGSSTLNL AFVAQIFHER NGLNKDGKYA FAEMMTEDVE TCRDERCYRL 401: WINSLGIDSY VNNVFEDVRN GWILLEVLDK VSPSSVNWKH ASKPPIKMPF RKVENCNQVI KIGKQLKFSL VNVAGNDIVQ GNKKLILGLL WQLMRFHMLQ 501: LLKSLRSRTL GKEMTDADIL SWANRKVRTM GRKLQIESFK DKSLSSGLFF LNLLWAVEPR VVNWNLVTKG ETDDEKRLNA TYIVSVARKL GCSVFLLPED 601: IVEVNQKMIL ILTASIMYWS LQRHSRESSD SSSTQSTTTT CTSTASSPAP SVTEEEEVSS LSGEVTSLAV GDAVSEITTV SEEASIE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)