AT1G27910.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : plant U-box 45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein containing a UND, a U-box, and an ARM domain. This protein has E3 ubiquitin ligase activity based on in vitro assays. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
plant U-box 45 (PUB45); FUNCTIONS IN: ubiquitin-protein ligase activity; INVOLVED IN: protein ubiquitination; LOCATED IN: ubiquitin ligase complex; EXPRESSED IN: 18 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: U box domain (InterPro:IPR003613), Armadillo-like helical (InterPro:IPR011989), Armadillo (InterPro:IPR000225), Armadillo-type fold (InterPro:IPR016024); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ARM repeat superfamily protein (TAIR:AT1G24330.1); Has 2726 Blast hits to 2661 proteins in 214 species: Archae - 0; Bacteria - 25; Metazoa - 192; Fungi - 159; Plants - 2120; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 227 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:9720962..9723975 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 85580.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 768 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDVNEVEENF FAPGDAKLHG KMCNALSVIY CKIMSIFPSL EAARPRSKSG IQALCSLHVV LEKVKNILRH CTESSKLYLA ITGDSVVLKF EKAKSSLTDS 101: LRRVEDIVQQ SIGSQLLEIL MELENTEFSL DPAEKEIGDQ IIGLLQQGGN FESSSDNNEL EVFHQAATRL GITSSRAALT ERRCLKKLIE RARMEDDKRK 201: ESIVAYLLHL MRKYSKLFRS EIWDDNDSQG SSSLPCSPTI QGSIDDAHGR AFDRQLSKLS SFNFRSCNNN RRSSQMSVPP EELRCPISLQ LMYDPVIIAS 301: GQTYERICIE KWFSDGHNTC PKTHQQLSHL CLTPNYCVKA LISSWCEQNG VQVPDGPPES LDLNYWRLAL SVSESTDTRS AKRVGSCKLK DVKVVPLEES 401: GTIKEEACES EYQEDQVTLV ERCTELLTTL TDVDTLRKKC RVVEQIRVLL KDDEEARILM GENGCVEALL QFLGSALNEN NASAQKVGAM ALFNLAVDNN 501: RNKELMLASG IIPLLEEMLC NPHSHGSVTA IYLNLSCLEE AKPVIGSSLA VPFMVNLLWT ETEVQCKVDA LHSLFHLSTY PPNIPCLLSA DLVNALQSLT 601: ISDEQRWTEK SLAVLLNLVL NEAGKDEMVS APSLVSNLCT ILDTGEPNEQ EQAVSLLLIL CNHSEICSEM VLQEGVIPSL VSISVNGTQR GRERAQKLLT 701: LFRELRQRDQ THLTEPQHTE VTSPEDGFSV ASAAVTETKP QCKSASRKKM GRAFSFLWKS KSFSVYQC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)