AT1G77680.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Ribonuclease II/R family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Ribonuclease II/R family protein; FUNCTIONS IN: ribonuclease activity, RNA binding; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribonuclease II/R (InterPro:IPR001900); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ribonuclease II family protein (TAIR:AT2G17510.1); Has 8235 Blast hits to 8065 proteins in 2328 species: Archae - 43; Bacteria - 5411; Metazoa - 476; Fungi - 391; Plants - 139; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 1773 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:29192188..29195963 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 116849.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.55 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1055 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MKSASSEQSV ERIENGHKKK RNRPQKQNRR SKQSSVPIED AHVEESLDGR DSSRSKAKDS TSSSKQQRPN TDELEAMRAS NVAFNSMPPM RAESGYPRRS 0101: ASPLLSSPEV SKQLLSKSCP DPRACEQSPG MNGELFQQIE GSSQRKIFSS HWSLDAVTEA LEKGEAFKAL FRVNAHNRNE AYCKIDGVPT DILINGNVCQ 0201: SRAVEGDTVV IKLDPLSLWP KMKGFVTESA AKPEGTNSPP EKDDKKARQK NGIDVVEGFE DGFSKNKSSV IGKGAKNGVT PSSPPSLDSC LGSFCEQKGN 0301: CSAVDKLCGI LSSFPHKRPT GQVVAVVEKS LVRDSIVGLL DVKGWIHYKE SDPKRCKSPL SLSDDEYVQL MPADPRFPKL IVPFHVLPGS IRARLENLDP 0401: NLEAELVAAQ IVDWGEGSPF PVAQITHLFG RGSELEPQIN AILYQNSVCD SDFSPGSLTS LPRVPWEVPE EEVQRRKDLR DLCVLTIDPS TATDLDDALS 0501: VQSLPGGFFR VGVHIADVSY FVLPETALDT EARFRSTSVY LMQRKISMLP PLLSENVGSL SPGADRLAFS ILWDLNREGD VIDRWIGRTI IRSCCKLSYD 0601: HAQDIIDGKS DVAENGWPAL HGSFKWCDVT RSVKQLSEIS TTLRQKRFRN GALQLENSKP VFLFDEHGVP YDFVTCSRKG SNFLVEEFML LANMTAAEVI 0701: SQAYRASSLL RRHPEPNTRK LKEFEGFCSK HGMDLDISSS GQLQDSLEKI TGNLKDDSVF VDILNNYAIK PMQLASYFCT GNLKDSVAEW GHYALAVPLY 0801: THFTSPLRRY PDIVVHRALA AALEAEELYS KQKQTAIDEG RSCFTGIHFN KDAAESIEGK EALSVAALKH GVPSTEILSD VAAYCNERKL AARKVRDACD 0901: KLYTWFVLKQ KEIFPCEARV MNLGSRFMTV YISKLGIERR IYYDQIEGLC ADWLEATSTL IVDKLYSKRG GRGFFKPMKE AVYLVSPCEV CVAKCSALSV 1001: HDTESPEAVS IDEVAPAVFP LTIQLFSTIP VVLHAVGGDD GPLDIGARLY MSSYY |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)