AT5G24270.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 ASURE: plasma membrane What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Calcium-binding EF-hand family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a calcium sensor that is essential for K+ nutrition, K+/Na+ selectivity, and salt tolerance. The protein is similar to calcineurin B. Lines carrying recessive mutations are hypersensitive to Na+ and Li+ stresses and is unable to grow in low K+. The growth defect is rescued by extracellular calcium. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SALT OVERLY SENSITIVE 3 (SOS3); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Recoverin (InterPro:IPR001125), EF-HAND 2 (InterPro:IPR018249), Calcineurin B protein (InterPro:IPR015757), EF-hand-like domain (InterPro:IPR011992), Calcium-binding EF-hand (InterPro:IPR002048); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: calcineurin B-like protein 8 (TAIR:AT1G64480.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:8238781..8240179 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 25694.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 222 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGCSVSKKKK KNAMRPPGYE DPELLASVTP FTVEEVEALY ELFKKLSSSI IDDGLIHKEE FQLALFRNRN RRNLFADRIF DVFDVKRNGV IEFGEFVRSL 101: GVFHPSAPVH EKVKFAFKLY DLRQTGFIER EELKEMVVAL LHESELVLSE DMIEVMVDKA FVQADRKNDG KIDIDEWKDF VSLNPSLIKN MTLPYLKDIN 201: RTFPSFVSSC EEEEMELQNV SS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)