AT2G23030.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.998 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : SNF1-related protein kinase 2.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a member of SNF1-related protein kinases (SnRK2) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SNF1-related protein kinase 2.9 (SNRK2.9); FUNCTIONS IN: protein serine/threonine kinase activity, protein kinase activity, kinase activity, ATP binding; INVOLVED IN: protein amino acid phosphorylation, response to osmotic stress; EXPRESSED IN: hypocotyl, root; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), Serine/threonine-protein kinase domain (InterPro:IPR002290), Serine/threonine-protein kinase-like domain (InterPro:IPR017442), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), Calcium/calmodulin-dependent protein kinase-like (InterPro:IPR020636), Serine/threonine-protein kinase-like, plant (InterPro:IPR015740); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SNF1-related protein kinase 2.1 (TAIR:AT5G08590.1); Has 112546 Blast hits to 110839 proteins in 2935 species: Archae - 116; Bacteria - 12803; Metazoa - 41707; Fungi - 12071; Plants - 26207; Viruses - 501; Other Eukaryotes - 19141 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:9803753..9806603 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38975.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 339 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEKYEMVKDL GFGNFGLARL MRNKQTNELV AVKFIDRGYK IDENVAREII NHRALNHPNI VRFKEVVLTP THLGIVMEYA AGGELFERIS SVGRFSEAEA 101: RYFFQQLICG VHYLHALQIC HRDLKLENTL LDGSPAPRLK ICDFGYSKSS VLHSNPKSTV GTPAYIAPEV FCRSEYDGKS VDVWSCGVAL YVMLVGAYPF 201: EDPKDPRNFR KTVQKIMAVN YKIPGYVHIS EDCRKLLSRI FVANPLHRST LKEIKSHAWF LKNLPRELKE PAQAIYYQRN VNLINFSPQR VEEIMKIVGE 301: ARTIPNLSRP VESLGSDKKD DDEEEYLDAN DEEWYDDYA |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)