AT4G17220.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.827 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : microtubule-associated proteins 70-5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a microtubule associated protein (MAP70-5). Regulates secondary wall patterning in wood cells. Expressed in all tissues. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
microtubule-associated proteins 70-5 (MAP70-5); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Myosin II heavy chain-like (InterPro:IPR009768); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: microtubule-associated proteins 70-2 (TAIR:AT1G24764.1); Has 55887 Blast hits to 31940 proteins in 2062 species: Archae - 816; Bacteria - 7000; Metazoa - 28657; Fungi - 4455; Plants - 2969; Viruses - 117; Other Eukaryotes - 11873 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:9657008..9659405 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 58524.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.84 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 513 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTAAENPFVS DTSSLQSQLK EKEKELLAAK AEVEALRTNE ELKDRVFKEL RENVRKLEEK LGATENQVDQ KELERKKLEE EKEDALAAQD AAEEALRRVY 101: THQQDDDSLP LESIIAPLES QIKIHKHEIS ALQEDKKALE RLTKSKESAL LEAERILRSA LERALIVEEV QNHNFELRRQ IEICQDENKF LEKINRQKVL 201: EIEKLSQSIV ELEEAILAGG TAANAVRDYR RQISQLNDEK RTLERELARV KVSASRVALA VANEWKDEND RVMPVKQWLE ERRILHGEMQ KLKDKLAVSE 301: RTAKAESQLK ERLKLRLKTI EDGLKGPNTF FVSPTTKTEK SGKILGFLTS GGGSKKRSSS QLRGSVTGRI HAMNQPIDRV GESDEMENSK ITANGLTDQH 401: EEDSERKTEE DGNVYSEDMV SGFLYDRLQK EVIALRKLCE SKEGTINAKN EEIKMLLKKV DALTKAIEVE TKKAKREAAA REKENALAML NEESKLCRKA 501: KLPRSRIPNP RCQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)