AT3G53580.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : diaminopimelate epimerase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
diaminopimelate epimerase family protein; FUNCTIONS IN: diaminopimelate epimerase activity; INVOLVED IN: lysine biosynthetic process via diaminopimelate; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Diaminopimelate epimerase, active site (InterPro:IPR018510), Diaminopimelate epimerase (InterPro:IPR001653); Has 7123 Blast hits to 7119 proteins in 2112 species: Archae - 88; Bacteria - 4300; Metazoa - 6; Fungi - 0; Plants - 62; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2667 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:19864784..19866907 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38986.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 362 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEIAAVSTVS VAPQSRRVSN AFSRNLGSVS SLSFGFFEKE YCFKSPSLRV SAAASMDAVT AEKFSPASFL DKKETGVLHF VKYHGLGNDF ILVDNRDSSE 101: PKITQEQAAK LCDRNFGVGA DGVIFAMPGV NGTDYAMRIF NSDGSEPEMC GNGVRCFARF IAELENLQGK HSFTIHTGAG LIVPEIQDDG QVKVDMGTPI 201: LKAQDVPTKL SGNKGEAVVE AELVVDGVSW NVTCVSMGNP HCITFGKKGG PNLKVDDLNL PEIGPKFEHH EMFPARTNTE FVEVLSRSHL KMRVWERGAG 301: ATLACGTGAC ALVVAAVLEG RADRKCTVDL PGGPLEIEWK QEDNHIYMTG PAEAVFYGSA LL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)