AT3G51080.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : GATA transcription factor 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a member of the GATA factor family of zinc finger transcription factors. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
GATA transcription factor 6 (GATA6); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, NHR/GATA-type (InterPro:IPR013088), Transcription factor, GATA, plant (InterPro:IPR016679), Zinc finger, GATA-type (InterPro:IPR000679); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: GATA transcription factor 5 (TAIR:AT5G66320.2); Has 1500 Blast hits to 1468 proteins in 185 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 110; Fungi - 554; Plants - 766; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 70 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:18973639..18974668 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34680.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.86 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 312 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MESVELTLKN SNMKDKTLTG GAQNGDDFSV DDLLDFSKEE EDDDVLVEDE AELKVQRKRG VSDENTLHRS NDFSTADFHT SGLSVPMDDI AELEWLSNFV 101: DDSSFTPYSA PTNKPVWLTG NRRHLVQPVK EETCFKSQHP AVKTRPKRAR TGVRVWSHGS QSLTDSSSSS TTSSSSSPRP SSPLWLASGQ FLDEPMTKTQ 201: KKKKVWKNAG QTQTQTQTQT RQCGHCGVQK TPQWRAGPLG AKTLCNACGV RYKSGRLLPE YRPACSPTFS SELHSNHHSK VIEMRRKKET SDGAEETGLN 301: QPVQTVQVVS SF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)