AT2G24490.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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| FP Images |
Arabidopsis cell culture (plastidal marker)
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : replicon protein A2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a component of Replication Protein A. Component of transcriptional gene silencing which does not affect endogenous small RNA accumulation nor DNA methylation. Localized in the nucleus. Involved in DNA repair. Interacts physically with ROS1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
replicon protein A2 (RPA2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (InterPro:IPR011991), Nucleic acid-binding, OB-fold-like (InterPro:IPR016027), Nucleic acid-binding, OB-fold (InterPro:IPR012340), Replication protein A, subunit RPA32 (InterPro:IPR014646), Replication protein A, C-terminal (InterPro:IPR014892), Nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type (InterPro:IPR004365); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Replication protein A, subunit RPA32 (TAIR:AT3G02920.1); Has 524 Blast hits to 524 proteins in 181 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 245; Fungi - 127; Plants - 108; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 44 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:10398651..10400416 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 30982.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 279 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MFSSSQFEPN SGFSGGGFMS SQPSQAYESS SSTAKNRDFQ GLVPVTVKQI TECFQSSGEK SGLVINGISL TNVSLVGLVC DKDESKVTEV RFTLDDGTGR 101: IDCKRWVSET FDAREMESVR DGTYVRLSGH LKTFQGKTQL LVFSVRPIMD FNEVTFHYIE CIHFYSQNSE SQRQQVGDVT QSVNTTFQGG SNTNQATLLN 201: PVVSSQNNDG NGRKNLDDMI LDYLKQPACT ARQQGIHIDE IAQQLKIPKN KLEGVVQSLE GDGLIYSTID EYHFKHVEL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)