AT5G08020.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RPA70-kDa subunit B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a homolog of Replication Protein A. rpa70b mutants are hypersensitive to UV-B radiation and MMS treatments suggesting a role for this protein in DNA damage repair. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RPA70-kDa subunit B (RPA70B); FUNCTIONS IN: DNA binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: DNA repair, response to UV-B, DNA replication; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Replication factor-a protein 1 Rpa1 (InterPro:IPR004591), Nucleic acid-binding, OB-fold-like (InterPro:IPR016027), Nucleic acid-binding, OB-fold (InterPro:IPR012340), Nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type (InterPro:IPR004365), Replication factor A, C-terminal (InterPro:IPR013955), Replication factor-A protein 1, N-terminal (InterPro:IPR007199); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Replication factor-A protein 1-related (TAIR:AT5G61000.1); Has 1056 Blast hits to 1045 proteins in 226 species: Archae - 10; Bacteria - 0; Metazoa - 213; Fungi - 147; Plants - 535; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 151 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:2572107..2574879 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 67293.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 604 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MENSVTQDGI ATVLANQSLD SSSVRPEIVV QVVDLKPAGN RYTFSANDGK MKIKAMLPAT LTSDIISGKI QNLGLIRLLE YTVNDIPGKS EEKYMLITKC 101: EAVASALDSE IKAEIKASTG IMLKPKHEFV AKSASQIINE QRGNAAPAAR MAMTRRVHPL VSLNPYQGSW TIKVRVTNKG VMRTYKNARG EGCVFNVELT 201: DEEGTQIQAT MFNAAARKFY DRFEMGKVYY ISRGSLKLAN KQFKTVQNDY EMTLNENSEV EEASNEEMFT PETKFNFVPI DELGTYVNQK DLIDVIGVVQ 301: SVSPTMSIRR KNDNEMIPKR DITLADETKK TVVVSLWNDL ATGIGQELLD MADNHPVIAI KSLKVGAFQG VSLSTISRSN VVINPNSPEA TKLKSWYDAE 401: GKETSMSAIG SGMSSSANNG SRSMYSDRVF LSHITSNPSL GEEKPVFFST RAYISFIKPD QTMWYRACKT CNKKVTEAMD SGYWCESCQK KDQECSLRYI 501: MAVKVSDSTG ETWLSAFNDE AEKIIGCTAD DLNDLKSEEG EVNEFQTKLK EATWSSHLFR ISVSQQEYNS EKRQRITVRG VSPIDFAAET RLLLQDISKN 601: KTSQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)