AT1G44900.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : minichromosome maintenance (MCM2/3/5) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes MCM2 (MINICHROMOSOME MAINTENANCE 2), a protein essential to embryo development. Overexpression results in altered root meristem function. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
MINICHROMOSOME MAINTENANCE 2 (MCM2); FUNCTIONS IN: DNA-dependent ATPase activity, DNA binding, ATP binding; INVOLVED IN: in 7 processes; LOCATED IN: nuclear chromatin; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nucleic acid-binding, OB-fold-like (InterPro:IPR016027), Nucleic acid-binding, OB-fold (InterPro:IPR012340), DNA-dependent ATPase MCM (InterPro:IPR001208), DNA-dependent ATPase MCM, conserved site (InterPro:IPR018525), MCM protein 2 (InterPro:IPR008045), MCM protein 2, N-terminal (InterPro:IPR021092); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Minichromosome maintenance (MCM2/3/5) family protein (TAIR:AT2G16440.1); Has 6038 Blast hits to 5672 proteins in 1024 species: Archae - 381; Bacteria - 1139; Metazoa - 1602; Fungi - 1087; Plants - 469; Viruses - 28; Other Eukaryotes - 1332 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:16970291..16974457 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 105589.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 936 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAGENSDNEP SSPASPSSAG FNTDQLPIST SQNSENFSDE EEAAVDTQVI RDEPDEAEDE EEEEGEDLFN DTFMNDYRKM DENDQYESNG IDDSVDDERD 101: LGQAMLDRRA ADADLDAREN RLANRKLPHL LHDNDSDDWN YRPSKRSRTT VPPRGNGGDP DGNPPSSPGV SQPDISMTDQ TDDYQDEDDN DDEAEFEMYR 201: IQGTLREWVM RDEVRRFIAK KFKDFLLTYV KPKNENGDIE YVRLINEMVS ANKCSLEIDY KEFIHVHPNI AIWLADAPQP VLEVMEEVSE KVIFDLHPNY 301: KNIHTKIYVR VTNLPVNDQI RNIRQIHLNT MIRIGGVVTR RSGVFPQLQQ VKYDCNKCGA VLGPFFQNSY SEVKVGSCSE CQSKGPFTVN VEQTIYRNYQ 401: KLTIQESPGT VPAGRLPRHK EVILLNDLID CARPGEEIEV TGIYTNNFDL SLNTKNGFPV FATVVEANYV TKKQDLFSAY KLTQEDKTQI EELSKDPRIV 501: ERIIKSIAPS IYGHEDIKTA LALAMFGGQE KNIKGKHRLR GDINVLLLGD PGTAKSQFLK YVEKTGQRAV YTTGKGASAV GLTAAVHKDP VTREWTLEGG 601: ALVLADRGIC LIDEFDKMND QDRVSIHEAM EQQSISISKA GIVTSLQARC SVIAAANPVG GRYDSSKSFA QNVELTDPIL SRFDILCVVK DVVDPVTDEM 701: LAEFVVNSHF KSQPKGGKME DSDPEDGIQG SSGSTDPEVL PQNLLKKYLT YSKLYVFPKL GELDAKKLET VYANLRRESM NGQGVSIATR HLESMIRMSE 801: AHARMHLRQY VTEEDVNMAI RVLLDSFIST QKFGVQRTLR ESFKRYITYK KDFNSLLLVL LKELVKNALK FEEIISGSNS GLPTIEVKIE ELQTKAKEYD 901: IADLRPFFSS TDFSKAHFEL DHGRGMIKCP KRLITW |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)