AT5G61000.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Replication factor-A protein 1-related | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RPA70D; FUNCTIONS IN: DNA binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: DNA replication; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Replication factor-a protein 1 Rpa1 (InterPro:IPR004591), Nucleic acid-binding, OB-fold-like (InterPro:IPR016027), Nucleic acid-binding, OB-fold (InterPro:IPR012340), Nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type (InterPro:IPR004365), Replication factor A, C-terminal (InterPro:IPR013955), Replication factor-A protein 1, N-terminal (InterPro:IPR007199); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RPA70-kDa subunit B (TAIR:AT5G08020.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:24549682..24552641 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 70267.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 629 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MQTSVTPDAI STVLSNPSFD SSSDRSEIVV QVVDLKPIGN RYTFSANDGK TKVKAMFTAS LTPEIISGKI QNLGLIRLID FTVNDISSKS TKYFLVTKCE 101: AVGSVLDSEI NLDSKSGEEE AREPKKQKLE HSPVSPLNDV VSTGITLKPK QEFVAKSASQ IMSEQRGNAA PAARMAMTRR VHPLVSLNPY QGNWTIKVRV 201: TNKGVMRNYK NARGEGCVFN VELTDEEGTQ IQATMFNDAA RKFFDRFQLG KVYYISRGSL KLANKQFKTV QNDYEMTLNE NSEVEEASSE EMFIPETKFN 301: FVPIEELGLY VNQKELIDLI GVVQSVSPTM SIRRRTDNEM IPKRDITLAD ESRKTVVVSL WNDLATGIGQ ELLDMADQSP VIAIKSLKVG DFQGVSLSTI 401: SRSNVVINPE SPEAKKLKSW FDSEGKEISM SSIGSGMSPS AKNGSRSLYT DRVLLSHITS NPSLFEEKPV FFSTRAYISF IKPDQTMWYQ ACKTCNKKVT 501: EALDSGYWCE GCQRKYEECS LRYIMAVKVT DSSGETWISS FNDEAEKILG CSADELNKLK SEEGEVNEYQ TKLKEATWSS HVFRVSVTQN EYNGEKRQRV 601: TVKGVAPLDF AAETRLLLQD ISNKNKTSQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)