AT4G19660.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : NPR1-like protein 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a ankyrin repeat BTB/POZ domain-containing protein with 36% sequence identity with NPR1. Mutants are more susceptible to the bacterial pathogen Pseudomonas syringe pv. tomato DC3000 and to the fungal pathogen Erysiphe cichoracearum, but do not differ markedly from wild type in interaction with virulent and avirulent strains of the oomycete Peronospora parasitica. NPR4 is required for basal defense against pathogens, and may be implicated in the cross-talk between the SA- and JA-dependent signaling pathways. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
NPR1-like protein 4 (NPR4); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: BTB/POZ (InterPro:IPR013069), NPR1/NIM1 like, C-terminal (InterPro:IPR021094), BTB/POZ fold (InterPro:IPR011333), Ankyrin repeat-containing domain (InterPro:IPR020683), BTB/POZ-like (InterPro:IPR000210), Ankyrin repeat (InterPro:IPR002110); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: NPR1-like protein 3 (TAIR:AT5G45110.1); Has 1751 Blast hits to 1617 proteins in 183 species: Archae - 0; Bacteria - 140; Metazoa - 493; Fungi - 63; Plants - 647; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 406 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:10696266..10698243 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 65118.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 574 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAATAIEPSS SISFTSSHLS NPSPVVTTYH SAANLEELSS NLEQLLTNPD CDYTDAEIII EEEANPVSVH RCVLAARSKF FLDLFKKDKD SSEKKPKYQM 101: KDLLPYGNVG REAFLHFLSY IYTGRLKPFP IEVSTCVDSV CAHDSCKPAI DFAVELMYAS FVFQIPDLVS SFQRKLRNYV EKSLVENVLP ILLVAFHCDL 201: TQLLDQCIER VARSDLDRFC IEKELPLEVL EKIKQLRVKS VNIPEVEDKS IERTGKVLKA LDSDDVELVK LLLTESDITL DQANGLHYAV AYSDPKVVTQ 301: VLDLDMADVN FRNSRGYTVL HIAAMRREPT IIIPLIQKGA NASDFTFDGR SAVNICRRLT RPKDYHTKTS RKEPSKYRLC IDILEREIRR NPLVSGDTPT 401: CSHSMPEDLQ MRLLYLEKRV GLAQLFFPAE ANVAMDVANV EGTSECTGLL TPPPSNDTTE NLGKVDLNET PYVQTKRMLT RMKALMKTVE TGRRYFPSCY 501: EVLDKYMDQY MDEEIPDMSY PEKGTVKERR QKRMRYNELK NDVKKAYSKD KVARSCLSSS SPASSLREAL ENPT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)