AT5G06960.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : OCS-element binding factor 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a basic leucine zipper (B-ZIP) containing protein that interacts with NPR1 to promote expression of salicylic acid induced genes. Binds the ocs-element. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
OCS-element binding factor 5 (OBF5); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Basic-leucine zipper (bZIP) transcription factor (InterPro:IPR004827), bZIP transcription factor, bZIP-1 (InterPro:IPR011616); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: TGACG motif-binding factor 6 (TAIR:AT3G12250.2); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:2155742..2157400 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36892.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 330 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGDTSPRTSV STDGDTDHNN LMFDEGHLGI GASDSSDRSK SKMDQKTLRR LAQNREAARK SRLRKKAYVQ QLENSRLKLT QLEQELQRAR QQGVFISSSG 101: DQAHSTAGDG AMAFDVEYRR WQEDKNRQMK ELSSAIDSHA TDSELRIIVD GVIAHYEELY RIKGNAAKSD VFHLLSGMWK TPAERCFLWL GGFRSSELLK 201: LIASQLEPLT EQQSLDINNL QQSSQQAEDA LSQGMDNLQQ SLADTLSSGT LGSSSSGNVA SYMGQMAMAM GKLGTLEGFI RQADNLRLQT YQQMVRLLTT 301: RQSARALLAV HNYTLRLRAL SSLWLARPRE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)