AT4G02640.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : bZIP transcription factor family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a basic leucine zipper (bZIP) transcription factor AtbZIP10. AtbZIP10 shuttles between the nucleus and the cytoplasm. It binds consensus G- and C-box DNA sequences. AtbZIP10 acts antagonistically with LSD1 in both pathogen-induced hypersensitive response and basal defense responses. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
BZO2H1; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Basic-leucine zipper (bZIP) transcription factor (InterPro:IPR004827), bZIP transcription factor, bZIP-1 (InterPro:IPR011616), Basic leucine-zipper, C-terminal (InterPro:IPR020983); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: basic leucine zipper 25 (TAIR:AT3G54620.1); Has 2464 Blast hits to 2453 proteins in 235 species: Archae - 2; Bacteria - 9; Metazoa - 253; Fungi - 131; Plants - 1940; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 129 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:1154031..1156085 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 45360.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.85 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 411 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNSIFSIDDF SDPFWETPPI PLNPDSSKPV TADEVSQSQP EWTFEMFLEE ISSSAVSSEP LGNNNNAIVG VSSAQSLPSV SGQNDFEDDS RFRDRDSGNL 101: DCAAPMTTKT VIVDSDDYRR VLKNKLETEC ATVVSLRVGS VKPEDSTSSP ETQLQPVQSS PLTQGELGVT SSLPAEVKKT GVSMKQVTSG SSREYSDDED 201: LDEENETTGS LKPEDVKKSR RMLSNRESAR RSRRRKQEQT SDLETQVNDL KGEHSSLLKQ LSNMNHKYDE AAVGNRILKA DIETLRAKVK MAEETVKRVT 301: GMNPMLLGRS SGHNNNNRMP ITGNNRMDSS SIIPAYQPHS NLNHMSNQNI GIPTILPPRL GNNFAAPPSQ TSSPLQRIRN GQNHHVTPSA NPYGWNTEPQ 401: NDSAWPKKCV D |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)