AT2G40750.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : WRKY DNA-binding protein 54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of WRKY Transcription Factor; Group III | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
WRKY DNA-binding protein 54 (WRKY54); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA-binding WRKY (InterPro:IPR003657); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: WRKY DNA-binding protein 70 (TAIR:AT3G56400.1); Has 3183 Blast hits to 2752 proteins in 165 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 3171; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 12 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:17000636..17002354 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38647.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.82 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 346 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDSNSNNTKS IKRKVVDQLV EGYEFATQLQ LLLSHQHSNQ YHIDETRLVS GSGSVSGGPD PVDELMSKIL GSFHKTISVL DSFDPVAVSV PIAVEGSWNA 101: SCGDDSATPV SCNGGDSGES KKKRLGVGKG KRGCYTRKTR SHTRIVEAKS SEDRYAWRKY GQKEILNTTF PRSYFRCTHK PTQGCKATKQ VQKQDQDSEM 201: FQITYIGYHT CTANDQTHAK TEPFDQEIIM DSEKTLAAST AQNHVNAMVQ EQENNTSSVT AIDAGMVKEE QNNNGDQSKD YYEGSSTGED LSLVWQETMM 301: FDDHQNHYYC GETSTTSHQF GFIDNDDQFS SFFDSYCADY ERTSAM |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)