AT5G22570.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : WRKY DNA-binding protein 38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of WRKY Transcription Factor; Group III | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
WRKY DNA-binding protein 38 (WRKY38); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA-binding WRKY (InterPro:IPR003657); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: WRKY DNA-binding protein 62 (TAIR:AT5G01900.1); Has 3118 Blast hits to 2692 proteins in 112 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 3102; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 16 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:7495608..7496707 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 33269.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 289 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEMNSPHEKA VQAIRYGHSC AMRLKRRLNH PMADGGPLSS YDLAKSIVES FSNAISILSA KPETEDDQFS DLSSRDSSPP PQGSPSKKRK IDSTNSSENW 101: RDDSPDPIYY DGYLWRKYGQ KSIKKSNHQR SYYRCSYNKD HNCEARKHEQ KIKDNPPVYR TTYFGHHTCK TEHNLDAIFI AGQDPLDDFK STQMIRFGKD 201: QDQEKESRSN GFSLSVKHEE DIIKEQAIDQ YREITSNDQD CQDVIEEYLS SPSGSYPPSS SSGSESADFN SDLLFDNPDS WDRYDQFYF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)