AT5G42780.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : homeobox protein 27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
homeobox protein 27 (HB27); FUNCTIONS IN: DNA binding, sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: regulation of transcription; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 16 plant structures; EXPRESSED DURING: 6 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Homeobox domain, ZF-HD class (InterPro:IPR006455), ZF-HD homeobox protein, Cys/His-rich dimerisation domain (InterPro:IPR006456), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: homeobox protein 22 (TAIR:AT4G24660.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:17154841..17155569 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 27969.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.55 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 242 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDEIKPKKEE NSKRRRNVKP ICRETGDHVH YLPTCKTKPK PTRTHHAPPP ILDSIFKVTH KPHYYECRKN HAADIGTTAY DGCGEFVSST GEEDSLNCAA 101: CGCHRNFHRE ELIPENGGVT ETVLEVLKIS SCQFRRIFCS PYGGGKSEGK KKKKEKESYG GDPIIKDRFG GAEEEEGIVK RLKTKFTAEQ TEKMRDYAEK 201: LRWKVRPERQ EEVEEFCVEI GVNRKNFRIW MNNHKDKIII DE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)