AT2G40640.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RING/U-box superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RING/U-box superfamily protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 13 plant structures; EXPRESSED DURING: 6 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING/U-box superfamily protein (TAIR:AT5G05230.1); Has 69 Blast hits to 69 proteins in 12 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 68; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:16961323..16963198 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 43304.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.81 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.65 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 383 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSHLRRRRFK LSLCALPVSI DRLLNFPAEK QMSVNDSIDP RFVFHVEDES LRFRVGDSGT KIRELETVGD RHFRTQQGFC GNRIEKDETM YSDGDDEEYD 101: VSIRRRTALI QPGIDSGNNY DSAAAEETNR ESKNPVGWEL VVREDGEGNS TIDRHEMEFK VRITKPDGNV SNSHRNTQQK RDFASVEKER VTTTSVSSWE 201: SLKAILSDPV TGALMNDATI LPCGHSFGAG GLKEVKKMKA CFTCSQPTLE GSEKPNLSLR IVVHAFRQEE DSDHIHTLKR RKERSDQKRS FCIPNITETP 301: KSSRGIQFPF SIGDHIIIEG NKRTPPRFVG RIAVIMTQCL NGWYVVKTVD NSESIKLQHC SLAKISDNSS TKVTVAEMPP SWL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)