AT5G40280.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Prenyltransferase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a beta subunit of farnesyl-trans-transferase, which is involved in meristem organization and ABA-mediated signal transduction pathway. Mutant phenotypes have been observed in meristem organization, and response to abscisic acid and drought. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ENHANCED RESPONSE TO ABA 1 (ERA1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Terpenoid cylases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid (InterPro:IPR008930), Prenyltransferase/squalene oxidase (InterPro:IPR001330); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RAB geranylgeranyl transferase beta subunit 2 (TAIR:AT3G12070.2); Has 2257 Blast hits to 1610 proteins in 263 species: Archae - 4; Bacteria - 30; Metazoa - 707; Fungi - 630; Plants - 303; Viruses - 4; Other Eukaryotes - 579 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:16101391..16104783 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 54218.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.82 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 482 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPVVTRLIRL KCVGLRLDRS GLNRRICHGG HGESTRRRVM EELSSLTVSQ REQFLVENDV FGIYNYFDAS DVSTQKYMME IQRDKQLDYL MKGLRQLGPQ 101: FSSLDANRPW LCYWILHSIA LLGETVDDEL ESNAIDFLGR CQGSEGGYGG GPGQLPHLAT TYAAVNALVT LGGDKALSSI NREKMSCFLR RMKDTSGGFR 201: MHDMGEMDVR ACYTAISVAS ILNIMDDELT QGLGDYILSC QTYEGGIGGE PGSEAHGGYT YCGLAAMILI NEVDRLNLDS LMNWAVHRQG VEMGFQGRTN 301: KLVDGCYTFW QAAPCVLLQR LYSTNDHDVH GSSHISEGTN EEHHAHDEDD LEDSDDDDDS DEDNDEDSVN GHRIHHTSTY INRRMQLVFD SLGLQRYVLL 401: CSKIPDGGFR DKPRKPRDFY HTCYCLSGLS VAQHAWLKDE DTPPLTRDIM GGYSNLLEPV QLLHNIVMDQ YNEAIEFFFK AA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)