AT5G09790.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ARABIDOPSIS TRITHORAX-RELATED PROTEIN 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a SET-domain protein, a H3K27 monomethyltransferases required for chromatin structure and gene silencing. Regulates heterochromatic DNA replication. Contains a PCNA-binding domain. ATXR5 accumulates preferentially during the late G1 or S phase, suggesting that it plays a role in cell-cycle regulation or progression. A plant line expressing an RNAi construct directed against this gene has reduced agrobacterium-mediated tumor formation. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ARABIDOPSIS TRITHORAX-RELATED PROTEIN 5 (ATXR5); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SET domain (InterPro:IPR001214), Zinc finger, PHD-type, conserved site (InterPro:IPR019786), Zinc finger, PHD-type (InterPro:IPR001965), Zinc finger, FYVE/PHD-type (InterPro:IPR011011), Zinc finger, PHD-finger (InterPro:IPR019787); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ARABIDOPSIS TRITHORAX-RELATED PROTEIN 6 (TAIR:AT5G24330.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:3039204..3040970 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 39691.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 352 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATWNASSPA ASPCSSRRRT KAPARRPSSE SPPPRKMKSM AEIMAKSVPV VEQEEEEDED SYSNVTCEKC GSGEGDDELL LCDKCDRGFH MKCLRPIVVR 101: VPIGTWLCVD CSDQRPVRKE TRKRRRSCSL TVKKRRRKLL PLVPSEDPDQ RLAQMGTLAS ALTALGIKYS DGLNYVPGMA PRSANQSKLE KGGMQVLCKE 201: DLETLEQCQS MYRRGECPPL VVVFDPLEGY TVEADGPIKD LTFIAEYTGD VDYLKNREKD DCDSIMTLLL SEDPSKTLVI CPDKFGNISR FINGINNHNP 301: VAKKKQNCKC VRYSINGECR VLLVATRDIS KGERLYYDYN GYEHEYPTHH FL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)