AT5G09260.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.983 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : vacuolar protein sorting-associated protein 20.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
vacuolar protein sorting-associated protein 20.2 (VPS20.2); INVOLVED IN: vesicle-mediated transport, N-terminal protein myristoylation; LOCATED IN: ESCRT III complex, plasma membrane; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Snf7 (InterPro:IPR005024); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SNF7 family protein (TAIR:AT5G63880.1); Has 1828 Blast hits to 1807 proteins in 295 species: Archae - 35; Bacteria - 99; Metazoa - 731; Fungi - 367; Plants - 251; Viruses - 5; Other Eukaryotes - 340 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:2876797..2878355 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 24610.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.48 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 216 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGNLFVKKPK ITEVDRAILS LKTQRRKLGQ YQQQLEKVIE AEKQAARDLI REKRKDRALL ALKKKRTQEE LLKQVDQWLI NVEQQLADIE LTSKQKAVFE 101: SLKQGNNAIK AIQSEVNLDD VQKLMDDTAE AKAYQDELSA ILGEKLSAED EEEILAEFDN LESLLIVEDM PEVPTTELMP EEPEKMDLPD VPTKAPVASN 201: ETTSTKRKVL EEPLEA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)