AT3G55130.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.962 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : white-brown complex homolog 19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a vacuole localized protein of the ABC transporter White-Brown Complex (WBC) family. When overexpressed in planta, confers resistance to kanamycin. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
white-brown complex homolog 19 (WBC19); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ABC transporter-like (InterPro:IPR003439), ABC-2 type transporter (InterPro:IPR013525), ABC transporter, conserved site (InterPro:IPR017871); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ABC-2 type transporter family protein (TAIR:AT3G55110.1); Has 390163 Blast hits to 355286 proteins in 4114 species: Archae - 7174; Bacteria - 309284; Metazoa - 8345; Fungi - 6290; Plants - 5468; Viruses - 12; Other Eukaryotes - 53590 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:20434111..20436288 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 80661.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 725 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNLSLSGRKI AMTRVSAETQ YITPIGSPTL DELLKDCDSF RKGDSGDGVK SDDPAHHIID VEALYVKPVP YVLNFNNLQY DVTLRRRFGF SRQNGVKTLL 101: DDVSGEASDG DILAVLGASG AGKSTLIDAL AGRVAEGSLR GSVTLNGEKV LQSRLLKVIS AYVMQDDLLF PMLTVKETLM FASEFRLPRS LSKSKKMERV 201: EALIDQLGLR NAANTVIGDE GHRGVSGGER RRVSIGIDII HDPIVLFLDE PTSGLDSTNA FMVVQVLKRI AQSGSIVIMS IHQPSARIVE LLDRLIILSR 301: GKSVFNGSPA SLPGFFSDFG RPIPEKENIS EFALDLVREL EGSNEGTKAL VDFNEKWQQN KISLIQSAPQ TNKLDQDRSL SLKEAINASV SRGKLVSGSS 401: RSNPTSMETV SSYANPSLFE TFILAKRYMK NWIRMPELVG TRIATVMVTG CLLATVYWKL DHTPRGAQER LTLFAFVVPT MFYCCLDNVP VFIQERYIFL 501: RETTHNAYRT SSYVISHSLV SLPQLLAPSL VFSAITFWTV GLSGGLEGFV FYCLLIYASF WSGSSVVTFI SGVVPNIMLC YMVSITYLAY CLLLSGFYVN 601: RDRIPFYWTW FHYISILKYP YEAVLINEFD DPSRCFVRGV QVFDSTLLGG VSDSGKVKLL ETLSKSLRTK ITESTCLRTG SDLLAQQGIT QLSKWDCLWI 701: TFASGLFFRI LFYFALLFGS RNKRT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)